Некоторые особенности уникальности Зоологического музея Зоологического института РАН:

• Крупнейшая зоологическая коллекция в мире. 2 Выставочная часть насчитывает около 35 тысяч экспонатов, а фондовая — более 60 миллионов единиц хранения. 3
• Систематическая коллекция всех основных групп животных. 4 Экспонаты размещены в витринах строго в систематическом порядке. 2
• Большое количество видов, занесённых в Красную книгу Международного союза охраны природы (IUCN). 3 Например, среди выставленных в экспозиции наземных позвоночных насчитывается 262 вида животных, занесённых в Международную Красную книгу. 3
• Коллекция мамонтов и мамонтовой фауны. 4 Включает единственное в мире чучело Берёзовского мамонта, мумии мамонтят и остатки мягких тканей животных, сохранившихся в вечной мерзлоте в течение 20–55 тысяч лет. 4
• Собрание биологических групп и диорам. 4 Они демонстрируют природные зоны России и сопредельных стран, морские биоценозы, биогруппы с обитателями тропиков. 4

Кроме того, музей является базой для обучения студентов петербургских профильных вузов, здесь проходят практику учащиеся художественных учебных заведений. 3