Суть эффекта «бутылочного горлышка» — это сокращение генофонда (генетического разнообразия) популяции вследствие критического уменьшения её численности с последующим восстановлением. 4

Процесс проходит в несколько этапов: 4

1. Изначально генетическое разнообразие популяции велико, поскольку условия среды благоприятны, ареал обитания широк, а особей много. 4
2. Затем в связи с наступлением неблагоприятных условий численность популяции резко падает — вплоть до нескольких особей. 4 Им приходится скрещиваться друг с другом — возникает инбридинг. 4 В результате генофонд сильно обедняется. 4
3. Численность популяции постепенно восстанавливается, но её генофонд по-прежнему остаётся бедным. 4 Восстановление генетического разнообразия требует много времени, поскольку происходит за счёт случайных мутаций (некоторые варианты генов при этом исчезают навсегда). 4 В результате выжившая популяция будет иметь генофонд, сильно отличный от того, который она имела до сокращения численности. 4

Сокращение генетических вариаций снижает устойчивость популяции к внешним условиям и способность адаптироваться и выживать в новых условиях. 1 В такие периоды у вида наблюдается значительный дрейф генов — случайные изменения частоты аллелей (различных форм одного гена), генотипов и даже утрата отдельных аллелей. 1