Разница в регуляции экспрессии генов у прокариот и эукариот заключается в следующих особенностях:

1. У прокариот регуляция осуществляется почти исключительно на уровне ДНК, так как в РНК часто невозможно внести какие-нибудь изменения до её трансляции. 1 Процессы транскрипции и трансляции сопряжены: в процессе транскрипции образуется зрелая мРНК, которая сразу же может быть использована для трансляции. 4
2. У эукариот регуляция экспрессии генов разнообразнее и сложнее. 1 Процессы транскрипции и трансляции пространственно разделены — они происходят в ядре и цитозоле соответственно. 3 У эукариот существуют, например, такие способы регуляции: конденсация и деконденсация хроматина, альтернативные промоторы, метилирование и деметилирование ДНК, тканеспецифическое редактирование РНК и другие. 1