Разница между жгутиками и пилями прокариотов заключается в их функциях:

1. Жгутики — это внешние структуры клетки, которые служат пропеллерами, обеспечивающими её движение. 26 Они обеспечивают активное перемещение клеток бактерий и архей в окружающей среде. 7
2. Пили — это нитевидные белковые структуры, расположенные на поверхности клеток многих бактерий. 89 Они участвуют в передаче генетического материала между бактериальными клетками, прикреплении бактерий к субстрату и другим клеткам, отвечают за адаптацию организмов, служат местами прикрепления многих бактериофагов. 89

Таким образом, основное различие в том, что жгутики обеспечивают движение клетки, а пили — её взаимодействие с окружающей средой и обмен генетическим материалом.