В чем разница между запятой и дефисом в сложноподчиненном предложении?

Возможно, имелись в виду запятая и точка с запятой в сложноподчинённом предложении.

Запятая выделяет зависимую часть (придаточное предложение) и выполняет выделительную функцию. ru.ruwiki.ru Количество запятых определяется положением зависимой части по отношению к главной: spravochnick.ru

• Если она предшествует главной или находится после неё, то ставится одна запятая. spravochnick.ru
• Если зависимая часть занимает положение в середине предложения, то отделяется запятой с двух сторон. spravochnick.ru
• Запятая также используется, если сложное предложение включает не одно, а несколько придаточных. spravochnick.ru

Точка с запятой используется в том случае, если придаточные части имеют осложнённую структуру, поэтому необходимо использовать отличный от запятой знак для их разделения. spravochnick.ru

Таким образом, разница между запятой и точкой с запятой в сложноподчинённом предложении заключается в том, что запятая используется для простых случаев, а точка с запятой — для более сложных структур.