Разница между загрузкой файлов и клонированием репозитория заключается в следующем:

1. Загрузка файлов — это сохранение моментального снимка файлов репозитория на локальном компьютере. 1 При этом загружаются только файлы из последнего коммита ветки по умолчанию, без истории изменений. 4
2. Клонирование репозитория — это создание его полной копии на локальном устройстве. 6 В отличие от обычного скачивания, при клонировании загружаются не только файлы, но и вся история изменений, включая коммиты, ветки и удалённые ссылки. 6 После клонирования можно вносить правки, фиксить баги, коммитить изменения и синхронизировать их с удалённым репозиторием. 6