Разница между вводным и модальным употреблением слова «пожалуй» заключается в его значении:

1. Вводное употребление выражает допущение возможного, склонность согласиться. 4 Например: «Я, пожалуй, приду». 4 В этом случае слово выделяется знаками препинания, обычно запятыми. 4
2. Модальное употребление выражает сомнение, гипотезу, неуверенность, версию, предположение. 1 Например: «Ну что, Геннадий Потапович, пора мне, пожалуй, и к дому двигаться». 1

Таким образом, вводное употребление указывает на оценку степени достоверности высказывания, а модальное — на определённые модальные значения внутри него.

Также слово «пожалуй» может быть формой повелительного наклонения глагола «пожаловать» и не выделяться запятыми, если используется в смыслах «явиться» или «вручить, подарить, пожертвовать». 1