В чем разница между внутренним и внешним ёканием в русском языке?

Возможно, имелись в виду различия между внешней и внутренней структурами языка, а не между внутренним и внешним ёканием.

Внутренняя структура языка — это его сторона, которая обеспечивает стабильность. spravochnick.ru Она включает языковую систему, её уровни и закономерности функционирования. spravochnick.ru К элементам внутренней структуры относятся наиболее общие, базовые принципы функционирования языка. spravochnick.ru

Внешняя структура языка — это обратная сторона языковой системы, которая тесно связана с обществом и происходящими в нём процессами. spravochnick.ru К внешней структуре относятся менее значимые аспекты функционирования языка, которые не затрагивают сущностных закономерностей языковой системы. spravochnick.ru

При этом внешняя структура языка не противопоставлена внутренней структуре жёстким образом. spravochnick.ru Они образуют единство, находясь в тесном взаимодействии, поэтому имеют промежуточные уровни. spravochnick.ru

Ёканье — одно из фонетических диалектных явлений русского языка в области вокализма. kartaslov.ru ru.wikipedia.org Оно заключается в произношении гласного [о] после мягких согласных в безударном положении. kartaslov.ru ru.wikipedia.org Ёканье входит в число диалектных черт, включённых в характеристику севернорусского наречия. kartaslov.ru ru.wikipedia.org