Разница между «в течение» и «в течении» в контексте научных текстов заключается в их значении:

• «В течение» — предлог, который обозначает временной промежуток. 23 Например: «В течение многих столетий люди путешествовали по планете». 2 К нему обязательно присоединяется существительное в родительном падеже — в течение (чего?) секунды, минуты, часа, года, жизни и так далее. 2
• «В течении» — существительное с предлогом, обозначает движение, поток воды. 2 Например: «В течении реки был отчётливо виден нефтяной след». 2

Таким образом, в научных текстах «в течение» используется для обозначения временного отрезка, а «в течении» — для описания движения воды или направления в какой-либо области деятельности. 12