Разница между трансмиссионной и сканирующей электронной микроскопией заключается в том, что они дают разные изображения:

• Трансмиссионная электронная микроскопия (ТЭМ) даёт плоское изображение среза «на просвет». 1 Изображение создаётся в результате прохождения пучка электронов через образец и их взаимодействия. 4 Современные трансмиссионные электронные микроскопы могут достичь разрешения в 50 *10-12 м (50 пикометров) с увеличением более чем в 50 млн крат. 4
• Сканирующая электронная микроскопия (СЭМ) даёт изображение поверхности (объект выглядит объёмным). 1 Электронный луч, сжатый магнитными линзами в тонкий зонд, сканирует поверхность образца, формируя на ней растр из нескольких тысяч параллельных линий. 25 Поскольку эти микроскопы отображают только внешнюю часть образца, они обеспечивают более низкое разрешение изображения, чем просвечивающие. 4 Однако по сравнению со световыми микроскопами, они могут обеспечить высокое качество трёхмерных изображений поверхности образца. 4