Разница между транскрипцией и фонематической системой русского языка заключается в следующем:

1. Транскрипция — это графическая запись звучания слова, которая фиксирует все нюансы произношения. 27 В транскрипции каждому звуку соответствует свой особый знак, также указывается ударение. 17
2. Фонематическая система — это передача фонемного состава слов без учёта позиционных изменений фонем. 2 Она передаёт не все особенности звучащей речи, а только те, которые играют смыслоразличительную роль. 1 В фонематической транскрипции не используется знак ударения. 1

Таким образом, фонетическая транскрипция передаёт звуковой состав слов, а фонематическая — фонемный состав слов. 4