Разница между типами РНК-полимераз I, II и III заключается в их функциях и специфичности синтеза определённых видов молекул РНК: 12

• РНК-полимераза I обеспечивает синтез всех рибосомальных РНК (за исключением 5S-рРНК). 1 В каждой клетке содержится до 40 тысяч молекул этого фермента, которые синтезируют 50–70% суммарного объёма РНК. 1
• РНК-полимераза II обеспечивает синтез всех матричных РНК. 1 В каждой клетке содержится до 30 тысяч молекул этого фермента, которые синтезируют 20–40% суммарного объёма РНК. 1
• РНК-полимераза III обеспечивает синтез всех транспортных РНК и 5S-рРНК. 1 В каждой клетке содержится до 20 тысяч молекул этого фермента, которые синтезируют 10% суммарного объёма РНК. 1

Кроме того, у дрожжей РНК-полимераза I включает 13 субъединиц, РНК-полимераза II — 12 субъединиц, а РНК-полимераза III — 15 субъединиц. 4