Разница между ступнёй и стопой заключается в их значениях:

• Стопа — это нижняя часть ноги, от щиколотки вниз. 2
• Ступня может употребляться в этом же значении, а кроме того, может обозначать нижнюю поверхность стопы, её подошву. 12