Разница между squash и fixup при слиянии коммитов в Git заключается в обработке сообщений коммитов: 12

• Squash объединяет сообщения всех соединённых коммитов с описанием коммита, в который попадут все изменения. 2 В начальном объединённом сообщении (squash) будут отмечены комментарии, показывающие, где начинаются и заканчиваются сообщения. 1
• Fixup удаляет сообщения коммитов, которые подверглись слиянию. 2 Сообщение останется только у самого верхнего коммита, в который попадут все изменения. 2

Таким образом, squash склеивает все комментарии в один, а fixup использует только комментарий основного коммита (того, в который вливаются остальные). 5