Разница между союзом и омонимом в русском языке заключается в их природе и функциях:

• Союзы — это служебные части речи, которые связывают части предложения, выражая определённые семантические отношения между ними. 1 Они не являются членами предложения. 1
• Омонимы, в частности союзные слова, — это относительные местоимения или наречия, которые выполняют две функции: связывают придаточную часть с главной и служат членом предложения в структуре придаточной части. 1 В отличие от союзов, к ним можно задать вопрос, они всегда ударяемы, являются членами предложения, заменяются другими союзными словами или другими знаменательными словами, не опускаются из предложения без ущерба для понимания его смысла. 3

Таким образом, основное отличие в том, что союзы выполняют только связующую функцию, а союзные слова — и связующую, и функцию члена предложения в придаточной части. 1