Разница между союзами «не то что(бы)…, а(но)» и «хотя…но» заключается в их значении:

• «Не то что(бы)…, а(но)» — это градационные союзы, которые объединяют два однородных члена или две части сложносочинённого предложения, сопоставляемые друг с другом в каком-либо отношении. 13 Во второй части используется союз «а» или «но», и у каждого из них своё значение. 3 Например, союз «но» даёт две оценки ситуации, из которых вторая более точная и правильная, а первая неверная или недостаточно точная. 3 Союз «а» сопоставительный, он не отрицает, а предлагает другое описание. 3
• «Хотя…но» — это противительный союз, который выражает отношения противопоставления или разграничения. 14