Разница между сочетаниями «по сути» и «по сути дела» в русском языке заключается в их значении:

• «По сути» может означать «на самом деле, в действительности», а также «касаясь самого главного, существенного». 25
• «По сути дела» — это выражение, означающее «в сущности, в действительности, на деле; если рассматривать сущность чего-либо». 2

Таким образом, «по сути» может указывать на общее значение, а «по сути дела» — на конкретное, если рассматривать что-то с точки зрения его сущности.

Кроме того, «по сути» может быть вводным словосочетанием, указывающим на достоверность факта, а «по сути дела» — нет, так как в этом случае оно является членом предложения. 24