Разница между системным PIP и установленным через pip install заключается в способе установки:

• Системный PIP поставляется вместе с Python и доступен после его установки. 5 Начиная с Python 3.4 (для Python 2 — с версии 2.7.9), pip поставляется вместе с интерпретатором по умолчанию. 4
• PIP, установленный через pip install, устанавливается вручную с помощью команды pip, например, для установки пакетов из репозитория PyPI 125.

Таким образом, системный PIP уже установлен и доступен после установки Python, а установленный через pip install устанавливается отдельно с помощью специальной команды. 15

По умолчанию pip устанавливает пакеты глобально, что может привести к конфликтам между версиями пакетов. 5 Чтобы изолировать пакеты текущего проекта, на практике создают виртуальное окружение (virtualenv). 5