Разница между синхрофазотроном и синхротроном заключается в принципе работы:

1. Синхрофазотрон — циклический резонансный ускоритель тяжёлых заряженных частиц (протонов, ионов), в котором управляющее магнитное поле и частота ускоряющего электрического поля одновременно изменяются во времени так, чтобы радиус равновесной орбиты частиц оставался постоянным. 5 Частота электрического поля в синхрофазотроне, в отличие от синхротрона, не постоянна: она увеличивается по мере ускорения частиц. 1
2. Синхротрон — циклический резонансный ускоритель ультрарелятивистских электронов, в котором управляющее магнитное поле изменяется во времени, а частота ускоряющего электрического поля постоянна. 5 В процессе ускорения частиц орбита пучка остаётся постоянного радиуса, а ведущее магнитное поле поворотных магнитов, определяющее этот радиус, возрастает во времени. 8