Разница между командами SET PASSWORD и ALTER USER в MySQL заключается в том, что SET PASSWORD используется для изменения паролей, когда у учётной записи есть привилегия UPDATE, а ALTER USER более гибкая и обычно применяется с условием IDENTIFIED BY для изменения паролей. 1

Кроме того, инструкция ALTER USER доступна только в современных версиях MySQL, а в версиях 5.x.x следует использовать SET PASSWORD. 4 В более новых версиях можно применять обе инструкции. 4

Вне зависимости от того, какая команда была выполнена для смены пароля, после изменения пароля необходимо сбросить кэш привилегий с помощью команды FLUSH PRIVILEGES. 45

Выбор между этими командами зависит от конкретных условий и требований к безопасности.