Некоторые различия между саркожгутиковыми и инфузориями:

• Органоиды движения: саркожгутиковые используют для передвижения ложноножки или жгутики, а инфузории — реснички. 39
• Количество ядер: у саркожгутиковых в основном ядра одного типа, не изменяющиеся в течение жизни. 6 У инфузорий — два ядра: крупное вегетативное (макронуклеус) и мелкое генеративное (микронуклеус). 5
• Форма тела: саркожгутиковые не имеют постоянной формы тела, у многих из них есть плотная пелликулярная оболочка. 14 Инфузории покрыты тонкой эластичной оболочкой, которая сохраняет постоянную форму тела. 8
• Способ размножения: основной способ размножения саркожгутиковых — деление клетки надвое, для инфузорий характерен особый половой процесс — конъюгация, при котором происходит обмен генетическим материалом между двумя особями. 14
• Среда обитания: саркожгутиковые живут в жидкой среде: пресных и морских водоёмах, влажной почве. 14 Инфузории обитают в морях и пресных водоёмах, некоторые виды — в полостях между частичками почвы и во мхах. 2