Разница между рекомбинацией и интеграцией плазмиды в бактериальную хромосому заключается в следующем:

1. Рекомбинация осуществляется путём замещения одной из двух цепей реципиентного дуплекса на гомологичный фрагмент ДНК донора. 3 В результате образуется временный гетеродуплекс ДНК, который в дальнейшем подвергается коррекции, направленной на удаление некомплементарного основания. 3

2. Интеграция плазмиды в бактериальную хромосому происходит при наличии гомологичных последовательностей ДНК, при которых возможна рекомбинация хромосомной и плазмидной ДНК. 17 Объединение хромосомной и плазмидной ДНК происходит за счёт ферментов клеточной системы рекомбинации, что приводит к стабильному включению плазмиды в хромосому. 2