Разница между PyInstaller и auto-py-to-exe при конвертации скриптов в исполняемые файлы заключается в том, что PyInstaller генерирует EXE-файл из командной строки, а auto-py-to-exe надстраивает над PyInstaller пользовательский интерфейс, в котором удобно выбирать различные параметры. 5

Таким образом, auto-py-to-exe — это графический интерфейс на основе PyInstaller, который позволяет создавать исполняемые файлы на Python для Windows, Mac и Linux. 24

Кроме того, auto-py-to-exe создаёт исполняемый файл, который является собранной версией исходного кода, а не оригинальным исходным кодом, как PyInstaller. 2

Выбор между этими инструментами зависит от личных предпочтений разработчика и удобства использования.