Разница между фразовым глаголом put up с предлогами in и with заключается в значении:

• Put up with означает «терпеть, мириться» с чем-либо. 25 Пример: I won’t put up with his dishonesty! (Я не буду мириться с его нечестностью!). 5
• Put in обычно означает «вставлять что-то в пространство» или «прилагать усилия для чего-то». 1 Пример: I need to put in a new light bulb in the living room. (Мне нужно вставить новую лампочку в гостиной). 1

Таким образом, put in используется для описания действий по установке чего-либо, а put up with — для обозначения терпения или выдержки чего-то неприятного. 1