Разница между пунктуационными и грамматическими ошибками заключается в характере нарушения:

• Пунктуационные ошибки — это неиспользование необходимого знака препинания или его употребление там, где он не требуется, а также необоснованная замена одного знака препинания другим. 2
• Грамматические ошибки — это ошибка в структуре языковой единицы: в структуре слова, словосочетания или предложения; это нарушение какой-либо грамматической нормы — словообразовательной, морфологической, синтаксической. 2

Таким образом, пунктуационные ошибки связаны с правилами расстановки знаков препинания, а грамматические — с нарушениями в структуре языка (словообразовании, образовании форм частей речи, согласовании и управлении и т. д.). 25