Разница между пунктуацией в сложноподчинённых и сложносочинённых предложениях заключается в использовании знаков препинания:

1. В сложноподчинённых предложениях придаточная часть выделяется запятыми с двух сторон, если стоит внутри главной части. 37 Если же придаточная часть стоит перед главной частью или после неё, то отделяется от неё запятой. 37
2. В сложносочинённых предложениях между частями в основном ставится запятая. 8 Однако они также могут быть разделены и точкой с запятой, а также тире. 8 Выбор знака препинания определяется характером связи частей, их распространённостью, а также смысловыми отношениями, в которые они вступают. 2

Таким образом, в сложноподчинённых предложениях акцент делается на выделении придаточной части, а в сложносочинённых — на разделении частей предложения знаками препинания (запятая, точка с запятой, тире) в зависимости от их структуры и отношений.