Разница между приставками прото- и пост- при образовании новых слов заключается в их значении:

• Прото- имеет значение «исходный, высший, старший, главный». 13 Примеры: прототип, протоплазма, протопласт, протозоология, протодьякон, протоиерей. 1
• Пост- придаёт оттенок последовательности за чем-то и может быть заменена синонимом «после». 2 Примеры: постимпериализм, постинфарктый, поствулканический. 1

Таким образом, прото- обозначает исходность и главенствующую позицию чего-либо, а пост- — последовательность после чего-либо. 2