Разница между праймером и ДНК-полимеразой при синтезе ДНК заключается в их функциях.

Праймер служит затравкой для синтеза комплементарной цепи с помощью ДНК-полимеразы. 3 Праймеры — это короткие ДНК-фрагменты, как правило, размером 18–25 пар нуклеотидов, которые комплементарны началу материнской цепи. 1 Они играют ключевую роль в образовании и накоплении продуктов реакции амплификации. 3

ДНК-полимераза, в свою очередь, способна удлинять цепь ДНК, присоединяя нуклеотиды к её 3'-концу. 3 При этом ДНК-полимераза не может начинать новую цепь, а может лишь наращивать уже существующую, поэтому она нуждается в короткой цепочке нуклеотидов — праймере. 4

Таким образом, праймер обеспечивает начало процесса синтеза, а ДНК-полимераза — его продолжение.