Разница между понятиями «принципиальный» и «фундаментальный» заключается в их значениях:

1. Принципиальный — это связанный с принципами, вытекающий из них, имеющий существенный характер, касающийся основного, общего, а также строго придерживающийся принципов, руководствующийся ими. 13
2. Фундаментальный — это прочный, крепкий, большой, основательный, глубокий, лежащий в основе чего-либо; существенный, основополагающий, а также главный, центральный. 25

Таким образом, принципиальный описывает то, что касается основ и принципов, а фундаментальный — то, что лежит в основе чего-либо и является основополагающим.