Разница между подсчётом колониеобразующих единиц (КОЕ) и микроскопическим исследованием заключается в том, что при подсчёте КОЕ учитываются только жизнеспособные клетки, а при микроскопическом исследовании — все клетки, как живые, так и мёртвые. 12
Подсчёт КОЕ предполагает, что каждая колония является отдельной и основана одной жизнеспособной микробной клеткой. 12 При этом визуальный подсчёт образующихся колоний возможен только после развития больших колоний, видимых невооружённым глазом. 1
Микроскопическое исследование (бактериоскопия) подразумевает визуальную оценку параметров микроорганизма под микроскопом. 3 Для этого используют фиксированные и нефиксированные препараты. 3 Нефиксированные препараты позволяют исследовать живые образцы бактерий, а фиксированные используют для окрашивания с подробным изучением морфологических и некоторых биохимических параметров патогенов. 3