Разница между подключением через SSMS и через командную строку SQLCMD заключается в функциональности и задачах, для которых используются эти инструменты.

SSMS (SQL Server Management Studio) — это графическая среда для управления инфраструктурой SQL Server, разработанная компанией Microsoft. 1 С её помощью можно разрабатывать базы данных, выполнять инструкции T-SQL, а также администрировать Microsoft SQL Server. 1 SSMS — основной, стандартный и полнофункциональный инструмент для работы с Microsoft SQL Server, предназначенный как для разработчиков, так и для администраторов SQL Server. 1

SQLCMD — это стандартный консольный инструмент для работы с Microsoft SQL Server от компании Microsoft. 1 Он в основном предназначен для каких-то служебных задач, выполнения скриптов и так далее. 1 SQLCMD нельзя использовать как основное средство разработки и администрирования SQL Server, так как у него ограниченный функционал и нет графического интерфейса. 15

Таким образом, SSMS больше подходит для общих задач работы с SQL Server, а SQLCMD — для выполнения конкретных задач, для которых не хватает функционала SSMS.