Разница между пиросеквенированием и ионным полупроводниковым секвенированием заключается в принципах работы и используемых технологиях.

Пиросеквенирование — метод определения первичной структуры ДНК, в основе которого лежит принцип комплементарности: для исследуемой одноцепочечной ДНК заново синтезируют комплементарную цепочку. 5 В момент присоединения каждого нуклеотида регистрируется вспышка света. 5 Этим методом можно определять нуклеотидную последовательность фрагментов геномной ДНК размером 300–500 пар оснований. 39

Ионное полупроводниковое секвенирование — метод определения последовательности ДНК, основанный на обнаружении ионов водорода, которые выделяются во время полимеризации ДНК. 12 Это метод «секвенирования при синтезе», в ходе которого комплементарная цепь строится на основе последовательности матричной цепи. 12 Технология отличается от других технологий секвенирования тем, что не использует модифицированные нуклеотиды и оптические датчики. 12

Ещё одно отличие — в используемых детекторах сигнала: в пиросеквенировании — оптический детектор, который имеет ограничения, связанные с полем зрения микроскопа и его разрешающей способностью. 7 В ионном полупроводниковом секвенировании такого ограничения практически нет, так как используется детекция на полупроводниковом чипе. 7