Разница между отрицательными наречиями с приставкой ни- и вопросительными наречиями с частицей ни заключается в их значении и употреблении:

• Отрицательные наречия с приставкой ни- усиливают уже имеющееся отрицание, выраженное частицей не перед сказуемым или словами «нет», «нельзя». 1 Например: ниско́лько не огорчаться, нику́да не спешить. 2
• Вопросительные наречия с частицей ни не выражают отрицание, а только усиливают уже имеющееся в предложении отрицание или утверждение. 4 Например: Не видно ни огонька (усиление отрицания). 4

Таким образом, основное различие в том, что отрицательные наречия с приставкой ни- усиливают отрицание, а вопросительные наречия с частицей ни не выражают его самостоятельно.