Разница между орфоэпией и орфофонией в современном русском языке заключается в том, что орфоэпия определяет нормативный фонемный состав слова, а орфофония — нормативную реализацию звуковых функциональных единиц, то есть правила произношения аллофонов фонем. 14

Таким образом, орфоэпия устанавливает употребление фонем и порядок их следования в слове, а орфофония изучает особенности реализации каждой фонемы в потоке речи. 35

Например, употребление твёрдых или мягких согласных в возвратных частицах глаголов в русском языке регулируется правилами орфоэпии, а требование произносить «j» в конце слова как сонорный, а не глухой шумный — правилами орфофонии. 1

Оба аспекта произносительной нормы не зависят друг от друга: при нормативном фонемном составе слова может искажаться звуковая реализация фонем, и наоборот. 1