Разница между однострочными и многострочными магическими командами в IPython заключается в том, с каким участком кода они работают. 3

Однострочные (линейные) команды начинаются с символа процента (%) и применяются только к коду, который следует за ними в той же строке. 35

Многострочные (ячеечные) команды начинаются с двух символов процента (%%) и действуют на всём, что следует за ними во всей ячейке. 24

По умолчанию IPython работает в режиме %automagic, поэтому префикс % у однострочных команд и %% у многострочных можно не писать. 1