Разница между однородными дополнениями и дополнениями с предлогами заключается в их характеристиках и роли в предложении:
Однородные дополнения связаны с одним словом, отвечают на один падежный вопрос и указывают на несколько объектов, с которыми сопряжено действие. 2 Между собой они связаны перечислительной интонацией или сочинительными союзами. 2
Дополнения с предлогами, в частности обособленные, чаще всего выступают местоимениями или именами существительными, перед которыми стоят предлоги кроме, помимо, исключая, включая и другие. 3 Такие дополнения означают включение, исключение или замещение чего-либо. 3
Таким образом, однородные дополнения относятся к нескольким объектам и связаны с одним словом, а дополнения с предлогами, в частности обособленные, указывают на конкретный объект и имеют определённое смысловое значение. 13