Разница между обычной и трансформирующей конъюгацией заключается в процессе переноса генетического материала:

1. Обычная конъюгация — это прямой перенос фрагмента ДНК от донорских бактериальных клеток к реципиентным при непосредственном контакте этих клеток. 14 В ходе конъюгации происходит контакт между двумя клетками, и хромосома донора передаётся в реципиентную клетку. 4 Затем участок донорской хромосомы (очень редко — вся хромосома) рекомбинирует с гомологичным участком на хромосоме реципиентной клетки. 4
2. Трансформирующая конъюгация — это процесс, при котором трансформирующая ДНК присоединяется к рецепторным сайтам на поверхности клетки-реципиента и при репликации бактериальной хромосомы трансформирующая нить ДНК присоединяется к гомологичному (частично комплементарному) участку ДНК клетки-реципиента. 7 В результате после деления клетки образуется одна нетрансформированная клетка и одна полностью трансформированная, у которой исходная последовательность нуклеотидов замещена на последовательность нуклеотидов трансформирующей ДНК. 7

Таким образом, при обычной конъюгации происходит перенос генетического материала через контакт клеток, а при трансформирующей — замещение генов реципиента на гомологичные нуклеотидные последовательности. 7