В чем разница между нулевым и отсутствующим корнем?

Возможно, имелись в виду различия между понятиями «нулевой корень» и «отсутствие корня».

Нулевой корень — это корень, который не имеет фонетического выражения, но заключает в себе определённое значение (лексическое и грамматическое). spravochnick.ru Например, в русском языке есть слово «вынуть», которое состоит из одной приставки (вы-), двух суффиксов (-ну- и –ть) и одного нулевого корня. spravochnick.ru

Отсутствие корня — это ситуация, когда в слове нет корня вообще. rus.stackexchange.com В русском языке есть слова без корня, например глаголы «снять», «поднять», «принять», «занять», «взять», «изъять» и другие. rus.stackexchange.com

Таким образом, разница между понятиями заключается в том, что нулевой корень — это особый вид корня, а отсутствие корня — это полное отсутствие корня в слове.