Разница между натуральным и синтетическим хлорофиллом заключается в способе их получения и свойствах:

• Натуральный хлорофилл присутствует во всех фотосинтезирующих организмах — высших растениях, водорослях, синезелёных водорослях (цианобактериях), фотоавтотрофных простейших (протистах) и бактериях. 25 Его можно сохранить только в комплексе, как он существует в живой растительной клетке. 8 При выделении из состава клетки хлорофилл разрушается, поэтому производители вынуждены его химически стабилизировать. 8
• Синтетический хлорофилл получен путём синтеза из исходных веществ — глицина и ацетата. 25 Например, молекулы синтетического хлорофилла размещены на специальных ветвистых полимерных наноструктурах. 3 Такой хлорофилл устойчив в кислой среде, сохраняет изумрудно-зелёный цвет при длительном хранении и растворим в воде и водно-спиртовых растворах. 25