Разница между наречием «непонятно» и отрицательным оборотом «не понятно» заключается в том, что каждое из этих слов употребляется в разных случаях и имеет своё значение:

• Наречие «непонятно» в большинстве случаев пишется слитно и используется, когда говорят о чём-то недоступном пониманию или выражают авторскую оценку происходящего. 5 Например: «непонятно, откуда у тебя взялись такие подозрения на мой счёт?». 5
• Отрицательный оборот «не понятно» пишется раздельно и употребляется, когда в предложении есть отрицание или противопоставление. 14 Например: «Никому ничего не понятно» или «Не понятно, а «так точно!»**. 1

Таким образом, выбор между этими словами зависит от контекста: если нет отрицания и противопоставления, используется «непонятно», а если есть — «не понятно». 1