Разница между наречием и сочетанием слов через дефис заключается в их природе и значении:

• Наречие — это самостоятельная неизменяемая часть речи, чаще всего обозначающая признак действия (если зависит от глагола) или другого признака (если зависит от прилагательного, наречия). 3 Наречия зависят от глаголов и выполняют роль обстоятельства. 1
• Сочетание слов через дефис может быть как наречием, так и сочетанием предлога и других самостоятельных частей речи. 13 Например, через дефис пишутся наречия, образованные повторением слова, основы или сочетанием синонимичных слов (еле-еле, мало-помалу, нежданно-негаданно). 34 Также через дефис могут писаться сложные междометия и звукоподражания, образованные повторением слов (баюшки-баю, ей-богу). 4

Таким образом, основное отличие в том, что наречия зависят от глаголов и выполняют роль обстоятельства, а сочетания слов через дефис могут быть как наречиями, так и сочетаниями предлогов и других частей речи, выполняя разные функции в предложении.