Разница между морфемным анализом слова и этимологическим анализом заключается в целях и задачах каждого из этих видов анализа:

1. Морфемный анализ направлен на определение морфемной структуры слова, выделение в нём значимых частей (морфем). 16 Основной приём в этом виде работы — подбор однокоренных и одноструктурных слов (то есть слов с той же приставкой и суффиксом). 1
2. Этимологический анализ служит для выяснения первоначальной структуры слова, его прежних словообразовательных связей, определения производящей основы и способа словообразования, а также восстановления первичного значения слова. 1

Таким образом, морфемный анализ обращён в настоящее, а этимологический — в прошлое. 3