Разница между моделью атома Томсона и планетарной моделью Нагаоки заключается в представлении о строении атома:

1. Модель атома Томсона (модель «пудинг с изюмом») предполагает, что атом представляет собой шар, по всему объёму которого «размазан» положительный заряд, а внутри, как плавающие элементы, находятся электроны. 58 В целом атом электронейтрален, отрицательные заряды электронов компенсируют положительный заряд самого атома. 5
2. Планетарная модель Нагаоки построена по аналогии с расчётами устойчивости колец Сатурна. 24 В этой модели вокруг маленького положительного ядра по орбитам вращаются электроны, объединённые в кольца. 7

Таким образом, в модели Томсона электроны расположены внутри облака положительного заряда, а в модели Нагаоки — вокруг положительно заряженного ядра.