Разница между модальными и отрицательными частицами заключается в их функциях и значениях.

Модальные частицы (смысловые, смыслообразовательные) вносят в предложение различные смысловые оттенки, а также выражают чувства и отношение говорящего к тому, о чём говорится в предложении. 12 К модальным частицам относятся, например: указательные («это», «вон»), уточняющие («ровно», «именно»), выделительно-ограничительные («исключительно», «лишь») и усилительные («ведь», «просто»). 1

Отрицательные частицы (не, ни, вовсе не) выражают отрицание. 14 Также они могут использоваться для усиления отрицания или утверждения. 3 Отрицательные частицы служат для образования слов разных самостоятельных частей речи с противоположным значением («правда» — «неправда»), а также для образования неопределённых и отрицательных местоимений и наречий («некто», «нечему», «некого», «нечего»). 3

Таким образом, модальные частицы придают высказыванию определённые оттенки, которые помогают понять весь смысл сказанного, в то время как отрицательные частицы фокусируются на выражении отрицания и могут иметь дополнительные значения.