Разница между методом окраски спор по Цилю-Нильсену и другими методами заключается в том, что каждый из них имеет свои особенности и используется для разных целей.

Метод окраски по Цилю-Нильсену позволяет обнаружить и дифференцировать кислотоустойчивые бактерии от некислотоустойчивых, в том числе выявить туберкулёзную палочку и другие кислотоустойчивые микроорганизмы. 23 Для этого применяют концентрированные растворы красителей с подогревом, например, карболовый фуксин Циля, который окрашивает все микроорганизмы в рубиново-красный цвет. 9 При последующей кратковременной обработке кислотой одни микробные клетки прочно удерживают краситель и не обесцвечиваются в растворе кислот, другие — теряют цвет. 9 Это позволяет кислотоустойчивые микроорганизмы отличить от не обладающих этим свойством. 9 Затем при дальнейшем докрашивании красителем другого цвета (например, метиленовой синью) некислотоустойчивые микроорганизмы приобретают цвет дополнительного красителя, а кислотоустойчивые сохраняют цвет основного красителя (фуксина Циля). 9

Другие методы окраски спор (методы Шеффера-Фултона, Пешкова, Златогорова, Меллера и др.) основаны на разрыхлении малопроницаемой для красителей оболочки спор различными способами (путём нагревания, обработки препарата кислотами, щелочами) с одновременным или дальнейшим их окрашиванием концентрированным красителем. 2 После такой обработки препарат промывают водой (при этом клетки обесцвечиваются, а споры остаются окрашенными) и докрашивают вегетативные клетки красителем контрастного цвета. 2