Разница между методами val() и prop() при работе с входными полями заключается в их назначении:

• val() предназначен для получения и установки значения атрибута «value» из текущего выбранного узла (ов). 1 С его помощью нельзя получить проверенное или непроверенное состояние входных данных. 1
• prop() разработан для извлечения логических свойств из выбранного узла DOM. 1 Его используют, например, для установки свойств disabled и checked элементов ввода и кнопок. 14

Таким образом, val() больше подходит для работы с текстовыми значениями, а prop() — для управления логическими свойствами элементов ввода.