Разница между лимнологией и гидрологией заключается в предмете изучения:

• Лимнология — раздел гидрологии, изучающий физические, химические и биологические свойства озёр и других пресных водоёмов, включая водохранилища. 19
• Гидрология — наука, изучающая природные воды, их взаимодействие с атмосферой и литосферой, а также явления и процессы, протекающие в водах (испарение, замерзание и т. п.). 25

Таким образом, лимнология фокусируется на изучении конкретных водоёмов, в то время как гидрология в целом изучает водные объекты и процессы, происходящие в них.

Например, лимнология исследует происхождение, размеры, строение и преобразование котловин и берегов водоёмов, структуру, состав и возраст донных отложений, водный, тепловой и седиментационный баланс водоёмов и другое. 4 В то время как гидрология изучает все виды вод гидросферы в океанах, морях, реках, озёрах, водохранилищах, болотах, почвенные и подземные воды. 25