Разница между латинскими и греческими приставками в русском языке заключается в их происхождении и значении:

• Латинские приставки имеют латинское происхождение, например, интер- (нахождение между чем-то, внутри), контр- (противодействие, противоположность чему-то). 12
• Греческие приставки имеют греческое происхождение, например, анти- (противоположность или враждебность чему-либо), гипер- (указание на превышение нормы). 14

Также есть латино-греческие дублетные приставки, значение которых совпадает со значениями определённых латинских приставок или очень близко им. 5

Например, латинская приставка инфра- буквально значит «под», а греческая приставка пан- имеет значение «всеохватывающий», «всеобъемлющий». 1