Разница между клоном и двойником заключается в том, как эти понятия описывают похожие объекты.
Клон — это биологически идентичный организм, полученный посредством размножения строго аналогичного генетического кода. otvet.mail.ru Клон похож на оригинал, как брат-близнец. vk.com
Двойник — это внешне неотличимый второй экземпляр биологического организма, найденный среди похожих. otvet.mail.ru Двойники могут отличаться от оригинала, например, иметь ушные раковины другого размера, родинки в разных местах, черепа разных размеров. vk.com
Таким образом, клон — это точная копия, а двойник — внешне похожий на оригинал организм.