Разница между клоакой у птиц и других позвоночных заключается в её функции и наличии или отсутствии у разных групп животных. 14

У птиц клоака — это конечная часть пищеварительного тракта, куда попадают непереваренные остатки пищи. 13 В неё также открываются протоки мочевой и половой систем, поэтому через клоаку птицы выводят отходы пищеварения, мочу и даже несут яйца. 1

У других позвоночных, например земноводных, пресмыкающихся, некоторых рыб (акул и скатов) и однопроходных млекопитающих, клоака также выполняет эти функции. 14 У остальных млекопитающих, за исключением однопроходных и афросорицидов, клоака имеется только в начале зародышевого развития, а позже разделяется на мочеполовой синус и конечный отдел прямой кишки, открывающиеся наружу самостоятельными отверстиями. 4